有机大米在生产加工过程中***止使用农药、化肥、激素等人工合成物质，并且不允许使用基因工程技术；绿色大米则允许有限使用这些物质，并且不*止使用基因工程技术。
有机大米在土地生产转型方面有严格规定，考虑到某些物质在环境中会残留相当一段时间，土地从生产其它食品到生产有机大米需要两到三年的转换期，而绿色大米则没有转换期的要求。
有机大米在数量上进行严格控制，要求定地块、定产量，生产其它大米没有如此严格的要求。
按照国际惯例，有机食品标志认证一次有效许可期为一年，一年期满后可申请“保证认证”，通过检查、审核合格后方可继续使用有机食品标志。
绿色大米、有机大米都注重生产过程的管理，绿色大米侧重对影响产品质量因素的控制，有机大米侧重对影响环境质量因素的控制。
